Plateforme RNomique de l’Université de Sherbooke (animal/humain)

Nom de l’entité

Plateforme RNomique de l’Université de Sherbrooke (animal/humain - Tarifs préférentiels CMDO)

Type d’entité

Plateforme de services

Mots clés

Séquençage nouvelle génération (Courte lecture Aviti (Element Biosciences) et longue lecture P2 Solo (Oxford Nanopore Technologies)), librairie, QC, PCR, qRT-PCR, Digital PCR, ARN, ADN, expression génique, épissage alternatif, bioinformatique, génomique, 16S, métagénomique, extraction acide nucléique [PCR, RNA, gene expression, absolute quantification, alternative splicing, bioinformatics, genomics, NGS]

Domaines d’expertises

Plateforme RNomique — Libérez le plein potentiel du séquençage et de la transcriptomique

Basée à l’Université de Sherbrooke, la plateforme RNomique est un pôle d’excellence en génomique fonctionnelle et transcriptomique. Nous offrons une gamme complète de services de séquençage de nouvelle génération (courte et longue lecture), de bioinformatique avancée et de PCR à haut débit, destinés aux milieux académique, clinique et industriel.

Notre parc technologique de dernière génération comprend :

Deux séquenceurs PromethION P2 (Oxford Nanopore) pour le séquençage longue lecture, idéal pour explorer les transcrits complets, l’épissage alternatif, la structure des isoformes, la validation de plasmides, l’épigénomique et le séquençage direct d’ARN,

Deux séquenceurs Aviti (Element Biosciences), une technologie de courte lecture économique et performante, parfaitement adaptée à la transcriptomique, au RNA-seq, à la caractérisation du microbiome et à la génomique ciblée.

Services offerts

• Nous offrons également des services de séquençage spécialisés, incluant :Le séquençage de plasmides complet, avec des points de dépôt accessibles à l’échelle du Québec,La validation d’éditions CRISPR-Cas9,

  Le séquençage direct multiplexé d’ARN,

  La caractérisation métagénomique de communautés microbiennes et de gènes de résistance.

  En complément, la plateforme propose une infrastructure automatisée de PCR à haut débit, permettant la réalisation de milliers de réactions par jour :

  qPCR avec sondes ou SYBR green,

  ASPCR pour l’annotation de l’épissage alternatif,

  ddPCR pour la quantification absolue.

  Notre équipe assure également l’extraction et le contrôle qualité de l’ARN et de l’ADN, ainsi qu’un accompagnement bioinformatique personnalisé à toutes les étapes, du design expérimental à l’interprétation des résultats.

  Les données sont livrées via une interface web sécurisée offrant des outils d’analyse et de visualisation interactifs.

  Engagée dans une démarche constante d’innovation, la plateforme développe continuellement de nouveaux protocoles et services pour répondre aux besoins émergents en recherche biomédicale et translationnelle.

  La plateforme RNomique, c’est bien plus qu’un service : c’est un partenaire stratégique pour vos projets en génomique et transcriptomique.
  Services offerts :  Résumé des services offerts — Plateforme RNomique
   Séquençage de nouvelle génération (NGS):

  Longues lectures (Oxford Nanopore – PromethION P2):

  -Séquençage de l’ARN natif (direct RNA-seq), multiplexing
  -Analyse de l’épissage alternatif et des isoformes complets
  -Validation de plasmides et construction de cartes circulaires
  -Profilage épigénétique sans amplification (méthylation)
  -Enrichissement ciblé avec sondes (e.g., CRISPR, splicing, cancer)

  Courtes lectures (Element Aviti x2):

  -RNA-seq (bulk, polyA, rRNA-depleted, total)
  -Séquençage ciblé et amplicon
  -Microbiome (16S, shotgun)
  -Validation CRISPR, panels personnalisés
  -Séquençage multiplexé à bas coût

   Préparation des échantillons:

  -Extraction et purification d’ARN et d’ADN (cultures, tissus, sang, etc.)
  -Contrôle qualité (quantification, intégrité, pureté)
  – Construction de librairies Illumina, ONT, Aviti

   PCR haut débit automatisée:

  -qPCR (SYBR Green, sondes TaqMan)
  -ASPCR (annotation fine de l’épissage alternatif)
  -ddPCR (quantification absolue)
  -Design et validation d’amorces

   Analyse bioinformatique personnalisée:

  -Design expérimental et conseils en amont
  -Traitement, annotation et visualisation de données
  -Pipelines sur mesure pour transcriptomique, isoformes, microbiome, édition CRISPR, etc.
  -Portail web sécurisé pour consultation des résultats (graphiques, tableaux, rapports)

   Support et accompagnement:

  -Conseils à chaque étape du projet
  -Services offerts aux milieux académiques, cliniques et industriels
  -Accès rapide et assistance directe par notre équipe scientifique

Responsable

Mathieu Durand, directeur des opérations, responsable du laboratoire
rnomics-fmss@usherbrooke.ca
819-821-8000 ext. 70455
https://rnomics.med.usherbrooke.ca/fr/welcome

Adresse

NOM DES RESPONSABLES :

Mathieu Durand mathieu.durand@usherbrooke.ca

Maxime Duval maxime.duval2@usherbrooke.ca

Sonia Couture sonia.couture2@usherbrooke.ca

Plateforme RNomique
Institut de recherche sur le cancer de l’Université de Sherbrooke (IRCUS)
3201, rue Jean-Mignault local Z8-3036
Sherbrooke, Quebec, Canada
J1E 4K8
Bureau: 75873